داهم المرض الأستاذ محمد سعيد عبد المقصود خوجة وهو في ريعان شبابه، وذهب يطلب العلاج في الداخل والخارج، فنصحه الأطباء بالاقامة في جو نقي معتدل، ثم رحل إلى الطائف ليقيم هناك ((في قصر الشيخ يوسف ياسين)). ولم يمكث طويلاً، فقد اختاره الله إلى جواره بعد مغرب يوم الخميس الثالث عشر من ربيع الثاني عام 1360هـ، ودفن بجوار مسجد عبدالله بن عباس في المقبرة الخاصة بكبار العلماء. فكان لرحيل الفتى المكي، صاحب الفكر الثاقب والوطنية الصادقة رنة أسى وحزن في قلوب الجميع من محبيه وممن خاصموه رحمه الله رحمة واسعة، وأسكنه فسيح جناته، وجزاه خيراً على ما قدمه لأمته ووطنه.